È nato a Neuburg an der Donau nel 1955. Dopo la maturitá ha iniziato i propri studi in musica liturgica, pedagogia musicale, pianoforte e organo alle scuole superiori di musica di Monaco di Baviera e Salisburgo sotto la guida di valenti insegnanti come Aldo Schoen, Gerhard Weinberger, Franz Lehrndorfer e Edgar Krapp ottenendo il diploma nel 1981, seguito da numerosi riconoscimenti. Dal 1982 è organista titolare del Münster di Ingolstadt ed ivi,  anche maestro di cappella dal 1995. Particolarmente interessato alla musica contemporanea, ha commissionato diverse composizioni e le ha eseguite in prima esecuzione assoluta. Franz Hauk fa parte di giurie di diversi concorsi organistici nazionali ed internazionali. Numerosissime sono le incisioni discografiche e le registrazioni radiofoniche di suoi concerti tenuti in Germania, Europa e Stati Uniti d'America. La sua attivitá artistica si rivolge anche alla direzione d'orchestra con la riscoperta e l'esecuzione in prima moderna di un gran numero di oratori, sinfonie, messe e produzioni operistiche di J.S.Mayr di cui è uno dei massimi studiosi.
Dal 2002 è insegnante di storia della prassi esecutiva alla Scuola Superiore di Musica di Monaco di Baviera.